正在调查坠落在太平洋上不明飞行物的海上自卫队二尉有动贵文，因遭遇蓝光导致遗传因子变质，变成凶恶怪兽THE ONE，从防卫厅特殊机关BCST的监视下逃脱后行踪不明。三个月后，航空自卫队飞行员真木舜一为陪伴患病的儿子继梦而辞去官职，在最后一次飞行中与红色发光体相遇并奇迹生还，转职为民航飞行员。BCST化学担当官水原沙罗将真木强制带走监视，此时THE ONE被某种力量吸引返回，濒死的真木在红色光球力量下变身成银色巨人THE NEXT，但变身不完全能量耗尽。得知儿子入院后，真木赶往医院，而THE ONE吸收多种生物后变异，在新宿街道上大肆破坏。有动贵文的人格已被完全取代，无法恢复人形，他曾是与沙罗有婚约的情侣。为了沙罗的回忆和与儿子的约定，真木再次变身，进化成40米高的姿态，与新宿街头的THE ONE展开最终决战。