冲绳海域出现神秘生物，毒液伤人后迅速蔓延全日本。这是古代文明尼莱卡奈为净化环境创造的生物系统失控后诞生的怪兽达加拉即将复活的征兆。艾莉亚斯姐妹察觉危机赶往石垣岛，遇见来自尼莱卡奈的小生物戈戈、保护它的当地少女，以及为寻宝而来的密猎者。传说尼莱卡奈遗迹中藏有击败达加拉的秘宝，少女们与艾莉亚斯姐妹、黑妖精贝尔贝拉和密猎者分别结伴出海。戈戈引导下海底金字塔浮现，达加拉却在寻宝时登陆石垣岛肆虐。艾莉亚斯召唤摩斯拉迎战，从空中战至海中，摩斯拉被达加拉拖入深海遭无数贝雷姆寄生陷入绝境。少女们突破遗迹陷阱，得知戈戈选中少女汐里为宝主。达加拉袭击金字塔时，戈戈的命之水让摩斯拉化为彩虹摩斯拉反败为胜，再变身为水中形态在海底决战，最终击溃达加拉连同金字塔一同消失。摩斯拉回归因凡特岛，危机终结。