幽冥女王之兄阿達武士降临地球，以压倒性力量击溃金刚战士，大連王与战斗白虎化为碎片，指挥中心在爆炸中崩塌，战士们失去所有超异能。宙威耗尽最后能量将他们送入忍者神庙，寻找能创造新超异能硬币的忍者战士，但食人鸟的追杀如影随形。当战士们终于获得忍者变身形态和机械兽时，巴布猴却发现了失落的無敵戰將，玄冥大帝趁机夺走小晴的硬币与战斗鹰，以要挟金刚战士驾驶这些武器征服地球。大明潜入暗月宫，在最后一刻夺回一切，但更大的危机接踵而来——终极魔王发动魔法将时间倒转，所有战士变回童年，超异能再度消失。宙威从水柔星请来外星战士，而恢复童年的战士们被迫分散各地寻找奇奥水晶碎片，伊莎在非洲意外与远亲重逢，留下表姐带回水晶。当水晶终于凑齐，地球恢复原状之时，天狼将军与阿达却闯入指挥中心，窃走水晶并将其炸毁，一切陷入未知的深渊。