
西元20XX年,人类从肯亚湖畔挖出名为索哈尔的物体,试图用“神之语言”连接上位领域的波动存在U-DO。实验失控,事象变移令地球近乎从宇宙中消失,人类被迫流亡。四千年后,米尔奇亚行星遭格诺西斯袭击,整颗星球连同真相一同消失。一切关键被封入合成人M.O.M.O.的意识中,各方势力为争夺她展开厮杀。星团联邦雇佣生化人Ziggurat 8保护她。与此同时,贝克达公司秘密开发对抗格诺西斯的机械兵器KOS-MOS。研究员卯月紫苑搭乘的太空船遭格诺西斯突袭,KOS-MOS在此时自行启动。紫苑被拖入一场围绕索哈尔与U-DO的阴谋,而她不知道,这场危机将动摇人类命运的根基。