
1999年,一辆卡车秘密运出馆山市,装载着不可知的物体。几天后,哥斯拉在馆山登陆,自卫队紧急迎战,队员家城茜在战斗中意外导致战友死亡,幸存后被调往资料科。日本政府秘密召集科学家,以馆山冲发掘的初代哥斯拉骨骼为基础,耗费四年打造出对抗怪物的终极武器——机械哥斯拉。然而,当茜被选为操作员,机龙首次测试时,哥斯拉突然现身东京湾。机龙迎战,却被哥斯拉的吼声唤醒体内野兽灵魂,失控暴走,在城市中留下毁灭痕迹。科学家试图通过改造DNA计算机压制暴走风险,但新首相五十岚因恐惧迟迟不敢下令出动。哥斯拉再度来袭,东京湾陷入火海,城市化为废墟。面对无法阻挡的毁灭,五十岚终于松口,机龙被空运至品川,茜抱着必死决心,与这头既是武器也是怪物的机器,展开一场生死对决。