幽冥女王之兄阿達武士率军入侵地球，以压倒性战力击败金刚战士，摧毁大連王与战斗白虎，指挥中心也被重创，战士们的超异能随之消失。宙威耗尽能量将他们送往忍者神庙，寻求忍者战士制造新的超异能硬币，途中遭遇食人鸟追击，但战士们最终成功抵达并获得忍者变身形态与忍者机械兽。与此同时，巴布猴、怪头陀与鱼匠人寻获失落已久的无敌战将，玄冥大帝趁机夺走小晴的硬币与大明的战斗鹰，企图胁迫战士为其征服地球。大明潜入暗月宫夺回关键装备，比利则在操控中夺回无敌战将的控制权，为队伍增添五架新战力。小晴为参加体操大赛离开，凯特破除魔咒后接替她成为粉红战士。然而幽冥女王的父亲终极魔王发动魔法将时间倒转，战士变回儿童失去超异能。宙威请来外星战士抵御侵略，变回儿童的战士中比利迅速恢复，其余人分散各地寻找奇奥水晶碎片，伊莎在非洲与远亲重逢后留在当地，由表姐唐娜带回水晶，最终水晶凑齐使地球恢复原状。